Program talkshow ini telah beberapa kali ditegur Komisi Penyiaran Indonesia (KPI). Salah satunya karena menayangkan adegan membaca Basmalah saat akan minum wine yang merupakan minuman haram.
Adegan membaca Basmalah saat akan minum wine itu dilakukan oleh Atika yang menjadi tamu dalam program Bukan Empat Mata pada Juni 2010. Sebelumnya, program Talkshow itu bertajuk Empat Mata yang dipandu Tukul Arwana sejak tahun 2005. Namun karena banyak pelanggaran dan disanksi KPI, pada tahun 2008 Trans7 mengubah namanya menjadi Bukan Empat Mata.
Meskipun namanya Bukan Empat Mata, konten dan pemandu acaranya tetap Tukul Arwana. Dan kembali mengulangi kesalahan sebelumnya, acara itu beberapa kali ditegur oleh KPI.
Pada 11 Agustus 2015, menayangkan aksi pemanggilan arwah oleh Mbah Bejo. Aksi dukun itu mengakibatkan seorang pria kesurupan. KPI menegur Bukan Empat Matakarena aksi itu tidak sesuai untuk kategori penonton remaja dan dapat menimbulkan kepercayaan takhayul.
Pada tahun 2009, KPI dua kali menegur Bukan Empat Mata. Pertama karena Kangen Band yang menjadi bintang tamu latah menyebut nama alat kelamin ketika menjatuhkan sesuatu. Bukan Empat Mata juga ditegur pada Desember 2009, karena Tukul secara sengaja mencolek Bella Saphira.
Pada tahun 2010, selain ditegur karena melecehkan Basmalah, Bukan Empat Mata juga ditegur karena melecehkan orang tua berusia 140 tahun.
Pada tahun 2012, tepatnya bulan Mei, Bukan Empat Mata kembali menerima sanksi dari KPI bahkan dikurangi jam tayangnya karena melecehkan lagu Indonesia Raya. Lagu kebangsaan itu dinyanyikan sambil tertawa diiringi celetukan. Lagu itu juga dipotong oleh host sebelum selesai.
Tiga bulan setelahnya, Bukan Empat Mata juga diperingatkan secara tertulis oleh KPI karena menayangkan cerita berjudul “Doa Seorang Wanita Bernama Susi” yang menyertakan Tuhan dalam lawakan.